Dinas Peternakan dan Kesehatan Hewan Provinsi Kalimantan Timur merupakan unsur pelaksana Pemerintah Provinsi di bidang Peternakan dan Kesehatan Hewan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur Kalimantan Timur melalui Sekretaris Daerah sesuai dengan Peraturan Gubernur Kalimantan Timur Nomor 73 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja.

Pembentukan Dinas Peternakan Propinsi Kalimantan Timur adalah Peraturan Daerah Propinsi Kalimantan Timur Nomor 02 Tahun 2001 tentang Perangkat Daerah Propinsi Kalimantan Timur yang diperkuat dengan Keputusan Gubernur Kalimantan Timur No. 03 Tahun 2001 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas-dinas Provinsi Kalimantan Timur.

Susunan organisasi Dinas Peternakan Provinsi Kalimantan Timur tersebut terdiri atas 1 (satu) Esselon II yaitu Kepala Dinas; 7 (tujuh) Esselon III yaitu 1 (satu) Sekretaris, 4 (empat) Kepala Bidang dan 2 (dua) Kepala Unit Pelaksana Teknis Dinas; 21 (dua puluh satu) Esselon IV yaitu 5 (lima) orang Kepala Sub Bagian dan 16 (lima belas) Kepala Seksi serta kelompok jabatan fungsional.

Kepala Dinas Peternakan Provinsi Kalimantan Timur, membawahi 7 (tujuh) unit Esselon III, meliputi:

1. Sekretaris (Ir. Woro Triani, MMT; NIP. 19620831 199103 2 001), membawahi 3 (tiga) sub bagian, yaitu:
    a. Sub Bagian Perencanaan Program (Mohammad Iqbal, S.T; NIP. 19680929 199703 1 005)
    b. Sub Bagian Umum (Sukamto Dwi Cahyono, S.Sos, M.Si; NIP. 19691102 199002 1 002)
    c. Sub Bagian Keuangan (Yusran, S.Sos; NIP. 19610911 198902 1 002)

2. Bidang Perbibitan dan Budidaya Peternakan (Ir. I.G. Made Jaya Adhi, MMT; NIP. 19630615 199003 1 014), membawahi 3 (tiga) seksi), yaitu:
    a. Seksi Perbibitan Ternak (Ihyan Nizam, S.Pt, M.Si; NIP. 19690803 199803 1 010)
    b. Seksi Budidaya Ternak dan Alat dan Mesin Peternakan (Ir. Martaik, M.Si; NIP. 19650311 199503 2 003)
    c. Seksi Penataan, Kelembagaan dan Penyebaran Ternak (Dahlia Amac, S.Pt; NIP. 19670429 199803 2 002)

3. Bidang Pengembangan Kawasan dan Usaha Peternakan (Ir. Yakob Pangedongan, M.Si; IP. 19641228 199403 1 002), membawahi 3 (tiga) seksi), yaitu:
    a. Seksi Pengembangan Kawasan dan Pakan Peternakan (-)
    b. Seksi Pelayanan Usaha dan Pembiayaan Peternakan (M. Fatkhul Anam, S.Pt; NIP. 19681115 199803 1 003)
    c. Seksi Data dan Informasi Peternakan (Ir. Sarifwan, M.Si; NIP. 19640517 199703 1 005)

4. Bidang Kesehatan Hewan (-), membawahi 3 (tiga) seksi), yaitu:
    a. Seksi Perlindungan Hewan (drh. Maulana; NIP. 19790807 200803 1 002)
    b. Seksi Pencegahan dan Pemberantasan Penyakit Hewan (drh. Siti Saniaun Sa'adah, M.Si; NIP. 19671002 199803 2 002)
    c. Seksi Pengawasan Obat Hewan dan Pelayanan Kesehatan Hewan (Kaspul Hanani, S.H; NIP. 19650909 200112 1 001)

5. Bidang Pasca Panen dan Kesehatan Masyarakat Veteriner (Ir. Hj. Sri Sulastri, M.Si; NIP. 19630520 199203 2 002), membawahi 3 (tiga) seksi), yaitu:
    a. Seksi Pengolahan Hasil dan Pengawasan Mutu Produk (Ir. Hamlah, M.P; NIP. 19640613 199803 2 001)
    b. Seksi Promosi dan Pemasaran (Fadli, S.Sos, M.SI; NIP. 19741207 199403 1 003)
    c. Seksi Kesehatan Masyarakat Veteriner (drh. Hj. Dyah Anggraini, M.Si; NIP. 19710508 199803 2 005)

6. UPTD Balai Pembibitan dan Inseminasi Buatan (Ir. IPG. Ngurah Suryawan, M.Si; NP. 19630507 199303 1 009), membawahi 3 (tiga) seksi), yaitu:
    a. Sub Bagian Tata Usaha
    b. Seksi Pembibitan Ternak dan Hijauan Makanan Ternak
    c. Seksi Inseminasi Buatan dan Saprodi

7. UPTD Laboratorium Kesehatan Hewan dan Kesmavet (Dr. drh. Rosemelati S, M. Kes; NIP. 19680919 199403 2 001) , membawahi 3 (tiga) seksi), yaitu:
    a. Sub Bagian Tata Usaha
    b. Seksi Penyidikan dan Pengujian Penyakit Hewan
    c. Seksi Penyidikan dan Pengujian Kualitas Hasil Peternakan

8. Kelompok Jabatan Fungsional