Pelaksanaan pemantauan yang dilaksanakan oleh Dinas Lingkungan Hidup Provinsi Kalimantan Timur pada Sungai Mahakam sepanjang 693,7 km pada segmen Nyan sampai dengan segmen Anggana dilakukan dengan pembiayaan dari APBD Provinsi Kalimantan Timur meliputi 10 titik sampling sebanyak 2 (dua) kali pemantauan, dari panjang secara keseluruhan Sungai Mahakam 920 km.

Selain Sungai Mahakam, pemantauan air sungai juga dilaksanakan di wilayah Kabupaten Berau yang meliputi 4 titik dengan 2 (dua) kali pemantauan, dimana 2 titik berada di Sungai Segah dan 2 titik berada di Sungai Kelay.

Tujuan dilakukan pemantauan kualitas air ini antara lain adalah untuk mengetahui kecenderungan perubahan kualitas air serta mengetahui indeks pencemaran air sungai sebagai evaluasi indikator keberhasilan pengendalian pencemaran air, serta menetapkan kebijakan dan strategi lebih lanjut.

Berdasarkan perhitungan status mutu air dengan menggunakan metode indeks Pencemaran pada tahun 2018, menunjukan bahwa Sungai Mahakam pada segmen Nyan hingga Anggana rata-rata Indeks Pencemaran adalah sebesar 9,5 sedangkan nilai Maksimum 10,1 dan minimum 8,6. Dari nilai rata-rata IP tersebut kondisi Sungai Mahakam dalam keadaan tercemar sedang. Sedangkan untuk Sungai Segah rata-rata indeks pencemaran sebesar 8,9, sedangkan untuk sungai Kelay rata-rata sebesar 8,9.

Secara umum parameter yang tidak memenuhi baku mutu air kelas I untuk Sungai Mahakam adalah TSS, DO, BOD, Khlorin Bebas, dan H₂S (parameter kimia anorganik), B. Coliform dan Fecal Coliform (parameter Mikrobiologi). Secara garis besar parameter kimia anorganik yang melebihi baku mutu lebih banyak disebabkan dari kegiatan domestik/rumah tangga. Untuk Sungai Segah dan Kelay parameter yang tidak memenuhi baku mutu adalah DO, H₂S, dan Khlorin Bebas (parameter kimia anorganik), dan           Total Coliform dan Fecal Coliform(parameter Mikrobiologi)

Upaya pengendalian pencemaran dan penurunan beban pencemaran yang bersumber dari kegiatan serta penurunan laju transportasi serta sedimen perlu menjadi perhatian utama dalam menentukan program dan kegiatan pengendalian pencemaran air.